Alineamiento gráfico de secuencias a través de programación paralela: un enfoque desde la era postgenómica
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Un alineamiento gráfico o “dot plot” es un método de representación visual del análisis de datos genómicos, comúnmente utilizado para comparar la similitud de dos secuencias biológicas. El programa DOTTER desarrollado en 1995, es la herramienta más utilizada para este tipo de tareas. El mayor problema de este software radica en el elevado tiempo de ejecución para datos genómicos de gran escala. GEPARD (2007), realiza alineamientos más rápidos para secuencias más grandes que DOTTER, logrando reducir de esta forma el tiempo de ejecución del alineamiento de un cromosoma contra él mismo, de 382 años con DOTTER a 61 minutos con GEPARD, aunque con un nivel de detalle bajo debido a que utiliza un método de aproximaciones. En este artículo se propo... Ver más
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2020-06-06
Revista Ingeniería Biomédica - 2020
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