Titulo:
Caracterización molecular de clones de theobroma cacao l., por medio de marcadores moleculares microsatélites
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Sumario:
Theobroma cacao L. es la única especie del género Theobroma que se explota comercialmente en grandes extensiones, registrando en la actualidad una amplia distribución mundial, a través de programas de desarrollo directamente influenciados por factores vinculados al mercado y por los intereses de productores, comerciantes, industriales y consumidores. En este estudio se evaluaron 12 clones de cacao por medio de marcadores moleculares utilizando 10 secuencias microsatélites (SSRs), como un estudio piloto antes de un ensayo a mayor escala. Los datos se procesaron e el programa Power Marker Versión 3.25. Se estimaron las frecuencias alélicas y luego se generó una matriz de distancias genéticas basada en el coeficiente de Nei. Utilizando el algo... Ver más
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2010-01-01
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Luna Azul - 2015
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Caracterización molecular de clones de theobroma cacao l., por medio de marcadores moleculares microsatélites Molecular characterization of theobroma cacao l. Clones, by means of microsatellite molecular markers Theobroma cacao L. es la única especie del género Theobroma que se explota comercialmente en grandes extensiones, registrando en la actualidad una amplia distribución mundial, a través de programas de desarrollo directamente influenciados por factores vinculados al mercado y por los intereses de productores, comerciantes, industriales y consumidores. En este estudio se evaluaron 12 clones de cacao por medio de marcadores moleculares utilizando 10 secuencias microsatélites (SSRs), como un estudio piloto antes de un ensayo a mayor escala. Los datos se procesaron e el programa Power Marker Versión 3.25. Se estimaron las frecuencias alélicas y luego se generó una matriz de distancias genéticas basada en el coeficiente de Nei. Utilizando el algoritmo de agrupamiento UPGMA se generó el dendrograma correspondiente. El análisis de diversidad mostró un índice de diversidad genética total de 0,6944 considerado intermedio para los materiales evaluados. La estimación de la heterocigosidad promedio fue de 0,58579 y de promedio del contenido de información polimórfica de 0,6523. En este estudio los marcadores mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 y mTcCIR12 son los más informativos y polimórficos. Se recomienda relacionar los resultados de diversidad genética con caracteres morfo- gronómicos y de patogenicidad en los distintos clones de cacao a fin de consolidar estrategias eficaces de mejoramiento y control de enfermedades. ABSTRACT Theobroma cacao L. is the only Theobroma species that is commercially exploited in enormous extensions, registering presently wide distribution worldwide through development programs directly influenced by factors linked to the market and the producers, traders, industrials, and consumers’ interests. In this study 12 cacao clones were evaluated by means of molecular markers using 10 microsatellite sequences (SSRs) as a pilot study before a test at a greater scale. The data were processed using the Power Maker Version 3.25 program. The allelic frequencies were stimated and a genetic distance matrix was developed based on the Nei coefficient. Using the UPGMA grouping algorithm the corresponding dendrogram was generated. The diversity analysis showed a total genetic diversity index of 0.6944 considered intermediate for the materials evaluated. The average heterozygocity estimate was 0.58579 and the average polymorphic information content was 0.6523. In this study markers mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 and mTcCIR12 are the most informative and polymorphic ones. It is recommended to relate the genetic diversity results with morpho- gronomic and pathogenicity characters in the different cacao clones in order to consolidate efficient strategies for disease improvement and control. López Gartner, Germán Ariel Theobroma cacao L. microsatélites diversidad genética fitomejoramiento germoplasma Theobroma cacao L microsatellites genetic diversity phyto improvement germoplasm 32 Núm. 32 , Año 2011 : Enero - Junio Artículo de revista Journal article 2011-01-01T00:00:00Z 2011-01-01T00:00:00Z 2010-01-01 application/pdf Universidad de Caldas Luna Azul 0122-5391 1909-2474 https://revistasojs.ucaldas.edu.co/index.php/lunazul/article/view/1164 https://revistasojs.ucaldas.edu.co/index.php/lunazul/article/view/1164 spa https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Luna Azul - 2015 52 60 Agrocadenas. (2005). La cadena de cacao en Colombia: Una mirada global de su estructura y dinámica. Documento de trabajo, 92. Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural. Observatorio de Agrocadenas Colombia. pp. 4-5. Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., y Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32, 314-331. CasaLuker. (2007).GranjaLuker. http://www.casaluker.com/espanol/granjaluker.html Cryer, N. C., Fenn, M. G., Tumbull, C. J., y Wilkinson, M. J. (2006). Allelic size standars and reference genotypes to unify international cocoa (Theobroma cacao L.) microsatellite data. Genetic Resources and Crop Evolution, 53, 1643-1652. Cuatrecasas, J. (1964). Cacao and its allies a taxonomic revision of genus Theobroma. Bulletin of the United States National Museum, Smithsonian Institution, Washington, USA. Doyle, J. J. (1991). DNA protocols for plants. En G. Hewitt, A. W. B. Johnson, y Young, J. P. W. (Eds.), Molecular Techniques in Taxonomy (pp. 283-293). NATO ASI Series H, Cell Biology Vol. 57. Doyle, J. J., y Doyle, J. L. (1990). A rapid total DNA preparation procedure for fresh plant tissue. Focus, 12, 13-15. Girón, C., Tortolero, J., y Sánchez, P. (2007). Theobroma cacao L. (Sterculiaceae) en la región nororiental de la Isla Margarita, Estado Nueva Esparta, Venezuela. PGR NEWSLETTER-FAO-IPGRI, 138, 1-4. Liu, J., y Muse, S. V. (2005). Power Marker: Integrated analysis environment for genetic marker data. Bioinformatics, 21(9), 2128-2129. Marcano. M., Morales, S., Hoyer, M. T., Courtois, B., y Risterucci, A. M. (2009). A genomewide admixture mapping study for yield factors and morphological traits in a cultivated coca (Theobroma cacao L.) population. Tree Genetics and Genomes, 5(2), 329-337. Márquez, M. P. (2003). Caracterización Molecular y Morfológica de progenies de árboles plus seleccionadas dentro del “Ensayo de procedencias y progenies de Cordia alliodora” de Cenicafé-Colombia. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster en Agricultura Ecológica, Centro Agronómico Tropical de investigadores CATIE, Escuela de Postgrado,Turrialba, Costa Rica. 80p. McCouch, S. R. (2002). A Laboratory Manual. Rice Laboratory, Department of Plant Breeding, Cornell University, 240 Emerson Hall, Ithaca, NY 14853, USA. Quiroz, J. G. (2002). Caracterización molecular y morfológica de genotipos superiores con características de cacao nacional (Theobroma cacao L.) de Ecuador. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster Scientiae, Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza CATIE, Programa de Educación para el Desarrollo y la Conservación, Escuela de Postgrado, Turrialba. Costa Rica. pp. 1-132. Sneath, P. H. A., y Sokal, R. R. (1973). Numerical Taxonomy: the principles and practice of numerical classification. San Francisco: Freeman. 573p. Palacio, D. (2007). Caracterización (fingerprinting) de clones de Theobroma cacao L., de interés comercial de la zona cafetera marginal baja (ZCMB) utilizando marcadores tipo fAFLP. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster en Ciencias Biológicas, Área Biología Molecular de Plantas, Departamento de Ciencias Biológicas, Facultad de Ciencias Universidad de los Andes, Bogotá. pp. 1-104. Tolares, S., Marcucci, P., y Harrond, L. (2005). Identificación genética de clones en Eucalyptus grandis utilizando Microsatélites. Instituto de Recursos Biológicos CNIA, INTA Castelar. Virk, P., Ford-Lloyd, B., Jackson, M., y Newbury, J. (1995). Use of RAPD for the study of diversity within plant germplasm collections. Heredity, 74, 170-179. https://revistasojs.ucaldas.edu.co/index.php/lunazul/article/download/1164/1087 info:eu-repo/semantics/article http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 Text Publication |
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Theobroma cacao L. es la única especie del género Theobroma que se explota comercialmente en grandes extensiones, registrando en la actualidad una amplia distribución mundial, a través de programas de desarrollo directamente influenciados por factores vinculados al mercado y por los intereses de productores, comerciantes, industriales y consumidores. En este estudio se evaluaron 12 clones de cacao por medio de marcadores moleculares utilizando 10 secuencias microsatélites (SSRs), como un estudio piloto antes de un ensayo a mayor escala. Los datos se procesaron e el programa Power Marker Versión 3.25. Se estimaron las frecuencias alélicas y luego se generó una matriz de distancias genéticas basada en el coeficiente de Nei. Utilizando el algoritmo de agrupamiento UPGMA se generó el dendrograma correspondiente. El análisis de diversidad mostró un índice de diversidad genética total de 0,6944 considerado intermedio para los materiales evaluados. La estimación de la heterocigosidad promedio fue de 0,58579 y de promedio del contenido de información polimórfica de 0,6523. En este estudio los marcadores mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 y mTcCIR12 son los más informativos y polimórficos. Se recomienda relacionar los resultados de diversidad genética con caracteres morfo- gronómicos y de patogenicidad en los distintos clones de cacao a fin de consolidar estrategias eficaces de mejoramiento y control de enfermedades.
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ABSTRACT
Theobroma cacao L. is the only Theobroma species that is commercially exploited in enormous extensions, registering presently wide distribution worldwide through development programs directly influenced by factors linked to the market and the producers, traders, industrials, and consumers’ interests. In this study 12 cacao clones were evaluated by means of molecular markers using 10 microsatellite sequences (SSRs) as a pilot study before a test at a greater scale. The data were processed using the Power Maker Version 3.25 program. The allelic frequencies were stimated and a genetic distance matrix was developed based on the Nei coefficient. Using the UPGMA grouping algorithm the corresponding dendrogram was generated. The diversity analysis showed a total genetic diversity index of 0.6944 considered intermediate for the materials evaluated. The average heterozygocity estimate was 0.58579 and the average polymorphic information content was 0.6523. In this study markers mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 and mTcCIR12 are the most informative and polymorphic ones. It is recommended to relate the genetic diversity results with morpho- gronomic and pathogenicity characters in the different cacao clones in order to consolidate efficient strategies for disease improvement and control.
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