Titulo:
Estandarización de la técnica de PCR para amplificar el genoma mitocondrial de las tortugas cabezona (Caretta caretta) y carey (Eretmochelys imbricata) anidantes del Caribe colombiano
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Sumario:
Las tortugas marinas, Eretmochelys imbricata y Caretta caretta se encuentran distribuidas en aguas tropicales del Indo-Pacífico y Atlántico y son consideradas especies importantes dentro del ecosistema. Estas tortugas se han catalogado en peligro crítico ya que han sido explotadas por su caparazón, huevos y carne. Las poblaciones de ambas especies se encuentran en un declive poblacional significativo en el Caribe colombiano. Los estudios genéticos del ADN mitocondrial permiten el apoyo de planes de manejo y conservación. En el presente estudio se estandarizaron las mejores condiciones de la técnica de PCR para la amplificación de 22 fragmentos de 800 pb solapadas en 50 pb del mitogenoma de las tortugas E. imbricata y C. caretta. Se diseñaro... Ver más
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Estandarización de la técnica de PCR para amplificar el genoma mitocondrial de las tortugas cabezona (Caretta caretta) y carey (Eretmochelys imbricata) anidantes del Caribe colombiano PCR Standardization to amplify the mitochondrial genome of nesting loggerhead turtles (Carettacaretta) and hawksbill (Eretmochelys imbricata) in the Colombian Caribbean Las tortugas marinas, Eretmochelys imbricata y Caretta caretta se encuentran distribuidas en aguas tropicales del Indo-Pacífico y Atlántico y son consideradas especies importantes dentro del ecosistema. Estas tortugas se han catalogado en peligro crítico ya que han sido explotadas por su caparazón, huevos y carne. Las poblaciones de ambas especies se encuentran en un declive poblacional significativo en el Caribe colombiano. Los estudios genéticos del ADN mitocondrial permiten el apoyo de planes de manejo y conservación. En el presente estudio se estandarizaron las mejores condiciones de la técnica de PCR para la amplificación de 22 fragmentos de 800 pb solapadas en 50 pb del mitogenoma de las tortugas E. imbricata y C. caretta. Se diseñaron oligonucleótidos-primers para la amplificación de estos mitogenomas a partir de secuencias previamente descritas de la tortuga verde Chelonia mydas. Se evaluó la concentración de Mg+2, ADN, oligonucleótidos-primers y la temperatura de anillamiento. La reacción estandarizada de PCR se obtuvo en un volumen final de 25 μl, conteniendo 20-70 ng de DNA, 0,5-1 mM de cada oligonucleótidos-primers, 1,5-3,0 mM de Mg+2, 1 U de Taq polimerasa y 0,2 mM de cada dNTP’s. Los parámetros de amplificación optimizados fueron: desnaturalización inicial de 5 min a 94 °C, seguida por 35 ciclos de 94 °C por 1 min, 37-50 °C por 1 min (de acuerdo a los oligonucleótidos-primers) y 72 °C por 1 min. Se obtuvo el 63 % de la secuencia de la tortuga carey y el 68 % de la tortuga cabezona. Estas secuencias presentaron un 99-100 % de identidad con las secuencias previamente reportadas. The hawksbill turtle, Eretmochelys imbricata, and loggerhead, Caretta caretta, are distributed in tropical waters of the Indo- Pacific and Atlantic, this species are considered important into ecosystems. Both turtles are listed as critically endangered since they have been exploited by their shell, eggs and meat. Population of both species are found in a significant population decline in the Colombian Caribbean. Genetic studies of mitochondrial DNA allow the support of management and conservation plans. In the present study the best conditions for the PCR have been standardized for the amplification of 22 fragments of 800 bp overlapping in 50 bp of hawksbill and loggerhead turtles mitogenoma. Primers-oligonucleotides were designed for amplification of these mitogenomas from previously described sequences of the Chelonia mydas green turtle. The concentration of Mg+2, DNA, primers-oligonucleotides and the annealing temperature were evaluated. The standard PCR reaction was obtained in a final volume of 25 μl containing 20-70 ng of DNA , 0,5-1 mM each primers-oligonucleotide, 1.5-3.0 mM Mg+2, 1 U of Taq polymerase and 0.2 mM of dNTP’s. Optimized am-plification parameters were: initial denaturation of 5 min at 94 °C, followed by 35 cycles of 94 °C for 1 min, 37-50 °C for 1 min (according to the primer-oligonucleotide) and 72 °C for 1 min. 63 % of the sequence of the hawksbill turtle and 68 % of the loggerhead turtle were obtained. These sequences had 99-100 % identity with the sequences previously reported. Hernández Fernández, Javier Otálora Acevedo, Katherin Beltran, Gerson Daza, Ledy Angélica Mitochondrial DNA PCR Caretta caretta Eretmochelys imbricata ADN mitocondrial PCR Caretta caretta Eretmochelys imbricata 3 2 Artículo de revista Journal article 2013-12-12T00:00:00Z 2013-12-12T00:00:00Z 2013-12-12 application/pdf Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano Revista Mutis 2256-1498 https://revistas.utadeo.edu.co/index.php/mutis/article/view/882 10.21789/22561498.882 https://doi.org/10.21789/22561498.882 spa https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ 21 30 https://revistas.utadeo.edu.co/index.php/mutis/article/download/882/913 info:eu-repo/semantics/article http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 http://purl.org/redcol/resource_type/ARTREF info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 Text Publication |
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The hawksbill turtle, Eretmochelys imbricata, and loggerhead, Caretta caretta, are distributed in tropical waters of the Indo- Pacific and Atlantic, this species are considered important into ecosystems. Both turtles are listed as critically endangered since they have been exploited by their shell, eggs and meat. Population of both species are found in a significant population decline in the Colombian Caribbean. Genetic studies of mitochondrial DNA allow the support of management and conservation plans. In the present study the best conditions for the PCR have been standardized for the amplification of 22 fragments of 800 bp overlapping in 50 bp of hawksbill and loggerhead turtles mitogenoma. Primers-oligonucleotides were designed for amplification of these mitogenomas from previously described sequences of the Chelonia mydas green turtle. The concentration of Mg+2, DNA, primers-oligonucleotides and the annealing temperature were evaluated. The standard PCR reaction was obtained in a final volume of 25 μl containing 20-70 ng of DNA , 0,5-1 mM each primers-oligonucleotide, 1.5-3.0 mM Mg+2, 1 U of Taq polymerase and 0.2 mM of dNTP’s. Optimized am-plification parameters were: initial denaturation of 5 min at 94 °C, followed by 35 cycles of 94 °C for 1 min, 37-50 °C for 1 min (according to the primer-oligonucleotide) and 72 °C for 1 min. 63 % of the sequence of the hawksbill turtle and 68 % of the loggerhead turtle were obtained. These sequences had 99-100 % identity with the sequences previously reported.
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