Titulo:
Método Taguchi para optimizar marcadores RAPD-PCR y determinar diversidad genética: un modelo, la tortuga cabezona Caretta caretta (Testudines: Cheloniidae)
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Sumario:
Se implementó el método Taguchi para optimizar marcadores RAPD-PCR que permitan estimar la diversidad genética con el modelo: tortuga cabezona. Se aisló ADN de C. caretta de dos zonas del Caribe colombiano (Don Diego N = 5 e Islas del Rosario N = 3) y se cuantificó. Se aplicó una matriz ortogonal de Taguchi para estandarizar cuatro variables para la reacción RAPD-PCR. Los datos obtenidos se analizaron con el programa PopGen. Las condiciones estandarizadas se encontraron con 7,85 ng/μl de ADN, 3,5 mM de MgCl2, 200 mM de dNTP´s, 0,5 μM de oligonucleótido y una unidad de Taq ADN polimerasa, en un volumen final de reacción de 20 μl. Las condiciones de termociclado iniciaron a 94°C por 5 m, seguido de 40 ciclos de: 94°C por 40 s, 37°C por 40 s y... Ver más
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2013-06-28
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Método Taguchi para optimizar marcadores RAPD-PCR y determinar diversidad genética: un modelo, la tortuga cabezona Caretta caretta (Testudines: Cheloniidae) Taguchi method to optimize RAPD-PCR markers and determine genetic diversity: a model, the loggerhead turtle Caretta caretta (Testudines: Cheloniidae) Se implementó el método Taguchi para optimizar marcadores RAPD-PCR que permitan estimar la diversidad genética con el modelo: tortuga cabezona. Se aisló ADN de C. caretta de dos zonas del Caribe colombiano (Don Diego N = 5 e Islas del Rosario N = 3) y se cuantificó. Se aplicó una matriz ortogonal de Taguchi para estandarizar cuatro variables para la reacción RAPD-PCR. Los datos obtenidos se analizaron con el programa PopGen. Las condiciones estandarizadas se encontraron con 7,85 ng/μl de ADN, 3,5 mM de MgCl2, 200 mM de dNTP´s, 0,5 μM de oligonucleótido y una unidad de Taq ADN polimerasa, en un volumen final de reacción de 20 μl. Las condiciones de termociclado iniciaron a 94°C por 5 m, seguido de 40 ciclos de: 94°C por 40 s, 37°C por 40 s y 72°C por 90 s. Los marcadores se registraron en una matriz binaria de presencia (1) y ausencia (0), y como un ejemplo modelo se determinó la diversidad genética utilizando el índice de Shannon (H´= 0,44+/–0,27 individuos de Don Diego y de H´= 0,25+/–0,32 para Isla del Rosario), el índice promedio de estructura genética (Gst = 0,27) y el índice de migración efectiva (Nm = 1,28). Se estandarizó una metodología haciendo uso del método de Taguchi que produce bandas claras, legibles y reproducibles, método que puede emplearse como alternativa confiable para realizar estudios de diversidad genética en la tortuga cabezona o de otras especies, y adicionalmente, integrarlos en el currículo de biología molecular y/o bioquímica para estudiantes de pregrado y maestría. Implementation of Taguchi method to optimize RAPD-PCR Markers for determining the genetic diversity: an example the loggerhead turtle, Caretta caretta(Testudines:Cheloniidae). DNA was isolated from Caretta carettatwo zone of the Colombian Caribbean (Don Diego N=5 and Rosario Islands N=3) and quantified it. Was applied a Taguchi orthogonal matriz of four variables to standardize RAPD-PCR reaction. The data were analyzed with the program PopGen. The conditions were standardized to 7.85 ng/ml of DNA, 3.5 mM MgCl2, 200 mM dNTP's, 0.5 mM oligonucleotide and one unit of Taq DNA polymerase in a final reaction volume of 20 ml. Thermocycling conditions initiated at 94°C for 5 min, followed by 40 cycles of: 94°C for 40 s, 37°C for 40 s and 72°C for 90 s. The markers were recorded in a binary matrix of presence (1) and absence (0), and as a model example of genetic diversity was determined using the Shannon index (H '= 0.44 + / -0.27 individuals and Don Diego H '= 0.25 + / -0.32 for Isla del Rosario), the average rate of genetic structure (Gst=0.27) and the effective migration rate (Nm=1.28). Methodology was standardized using Taguchi method that produces bands of light, legible and reproducible that can be used as a reliable alternative for studies of genetic diversity in the loggerhead turtle and other species, and further, integrate them into the curriculum of molecular biology and/or biochemistry for undergraduate and graduate students. Martínez-Ortega, Julio Hernández-Fernández, Javier método Taguchi matriz ortogonal RAPD-PCR Caretta caretta diversidad genética Taguchi method orthogonal matrix RAPD-PCR Caretta caretta genetic diversity 3 1 Artículo de revista Journal article 2013-06-28T00:00:00Z 2013-06-28T00:00:00Z 2013-06-28 application/pdf Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano Revista Mutis 2256-1498 https://revistas.utadeo.edu.co/index.php/mutis/article/view/840 10.21789/22561498.840 https://doi.org/10.21789/22561498.840 spa https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ 20 20 https://revistas.utadeo.edu.co/index.php/mutis/article/download/840/851 info:eu-repo/semantics/article http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 http://purl.org/redcol/resource_type/ARTREF info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 Text Publication |
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