Titulo:
ARDRA para la identificación de las bacterias coliformes Citrobacter sedlakii y Citrobacter gilleni, del humedal “Laguna de Tierra Blanca” Soacha, Cundinamarca
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Sumario:
Muestras de agua del humedal “Laguna de tierra blanca” de Soacha, Cundinamarca, fueron sembradas en agar MacConkey y EMB. Una colonia verde metálico, catalasa positiva y oxidasa negativa se resembró de nuevo en agar EMB y fue sometida a la prueba bioquímica API E20. Se extrajo el DNA, se amplificó el gen 16S rRNA por PCR y se cortó con las endonucleasas de restricción AluI y HpyCH4III. Un análisis de ARDRA in silico fue realizado para 11 secuencias del gen 16S rRNA de todas las especies del género, reportadas en GenBank. El sistema API E20 reveló la presencia de Citrobacter sp. El análisis de ARDRA mostró que el patrón de bandas generado por HpyCH4III no presentó ninguna coincidencia con los reportados en GenBank. AluI presentó seis bandas... Ver más
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2012-12-28
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ARDRA para la identificación de las bacterias coliformes Citrobacter sedlakii y Citrobacter gilleni, del humedal “Laguna de Tierra Blanca” Soacha, Cundinamarca ARDRA for the identification of the coliform bacteria Citrobacter sedlakii and Citrobacter gilleni, from the wetland “Laguna de Tierra Blanca” Soacha, Cundinamarca Muestras de agua del humedal “Laguna de tierra blanca” de Soacha, Cundinamarca, fueron sembradas en agar MacConkey y EMB. Una colonia verde metálico, catalasa positiva y oxidasa negativa se resembró de nuevo en agar EMB y fue sometida a la prueba bioquímica API E20. Se extrajo el DNA, se amplificó el gen 16S rRNA por PCR y se cortó con las endonucleasas de restricción AluI y HpyCH4III. Un análisis de ARDRA in silico fue realizado para 11 secuencias del gen 16S rRNA de todas las especies del género, reportadas en GenBank. El sistema API E20 reveló la presencia de Citrobacter sp. El análisis de ARDRA mostró que el patrón de bandas generado por HpyCH4III no presentó ninguna coincidencia con los reportados en GenBank. AluI presentó seis bandas con tamaños de 592, 338, 368, 227, 95, 92 y 49 pb, coincidiendo con las bandas in silico reportadas para las especies Citrobacter sedlakii y Citrobacter gillenii, presentándose para cada especie bacteriana una banda adicional. La banda de 367 pb identificó a C. gillenii y la de 338 pb a.C. sedlakii, concluyéndose que la colonia aislada contenía posiblemente estas dos cepas bacterianas. Water samples from the wetland "Laguna de Tierra Blanca" Soacha-Cundinamarca were isolated in MacConkey agar and EMB. A metallic green, catalase positive, and oxidase negative colony was reisolated again in EMB agar. The colony was subjected to biochemical test API E20. DNA was extracted, amplified 16S rRNA gene by PCR and cut with restriction endonucleases AluI and HpyCH4III. An in silicoARDRA analysis was performed to 11 sequences of 16S rRNA genes from all species of the genus reported in GenBank. The API E20 system revealed the presence of Citrobactersp. ARDRA analysis showed that the banding pattern generated by HpyCH4III made no agreement with those reported in GenBank. AluI showed 6 bands with sizes of 592, 338, 368, 227, 95, 92 and 49 bp, coinciding with the in silicobands reported for Citrobacter species and C. sedlakiiandC. gillenii, for each bacterial species presenting an additional band. The band of 367 bp identified C. gilleniiand 338 bp of a. C. sedlakii, concluding that the single colony may contain these two bacterial strains. Hernández Fernández, Javier Becerra, Laura Puentes, Viviana Martínez, Julio ARDRA Citrobacter gillenii Citrobacter sedlakii endonucleasas in silico ARDRA Citrobacter gillenii Citrobacter sedlakii endonucleases in silico 2 2 Artículo de revista Journal article 2012-12-28T00:00:00Z 2012-12-28T00:00:00Z 2012-12-28 application/pdf Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano Revista Mutis 2256-1498 https://revistas.utadeo.edu.co/index.php/mutis/article/view/360 10.21789/22561498.360 https://doi.org/10.21789/22561498.360 spa https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ 76 88 https://revistas.utadeo.edu.co/index.php/mutis/article/download/360/357 info:eu-repo/semantics/article http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 http://purl.org/redcol/resource_type/ARTREF info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 Text Publication |
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