Integración de herramientas bioinformáticas y métodos en biología molecular para el diseño de un kit diagnóstico del COVID-19: un ejemplo de aprendizaje significativo
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Como una forma pedagógica de aprendizaje activo, se relacionaron temas desarrollados en clase de biología molecular con la pandemia del coronavirus COVID-19 que en este momento avanza en casi la totalidad del planeta. Contar con un método eficiente para diagnosticar la infección durante el inicio de esta infección respiratoria aguda es importante para detectar tanto los pacientes sintomáticos como los asintomáticos. Por este motivo, se retó a los estudiantes de séptimo semestre de las carreras de biología marina y ambiental que cursan la materia biología molecular en la Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano a diseñar un método diagnóstico para el virus COVID 19 basado en RT PCR y qPCR. El objetivo de este ejercicio académico consistió en... Ver más
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Integración de herramientas bioinformáticas y métodos en biología molecular para el diseño de un kit diagnóstico del COVID-19: un ejemplo de aprendizaje significativo Integration of Bioinformatics Tools and Molecular Biology Methods for the design of a COVID-19 Test Kit: An Example of Significant Learning Como una forma pedagógica de aprendizaje activo, se relacionaron temas desarrollados en clase de biología molecular con la pandemia del coronavirus COVID-19 que en este momento avanza en casi la totalidad del planeta. Contar con un método eficiente para diagnosticar la infección durante el inicio de esta infección respiratoria aguda es importante para detectar tanto los pacientes sintomáticos como los asintomáticos. Por este motivo, se retó a los estudiantes de séptimo semestre de las carreras de biología marina y ambiental que cursan la materia biología molecular en la Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano a diseñar un método diagnóstico para el virus COVID 19 basado en RT PCR y qPCR. El objetivo de este ejercicio académico consistió en incentivar a los estudiantes para que propusieran un método efectivo que permita detectar el virus COVID 19 a través de los conocimientos adquiridos durante el curso. Se realizó una revisión de la literatura previa para identificar los métodos existentes para la detección del virus y con ayuda de herramientas bioinformáticas se realizó el análisis de las secuencias de los genomas del COVID 19, el SARS humano y el SARS de murciélago disponibles en GenBank. As a pedagogical form of active learning, topics developed in molecular biology class were related to the coronavirus COVID-19 pandemic that is currently advancing in almost the entire planet. Having an efficient method of diagnosing infection during the onset of this acute respiratory infection is important in detecting both symptomatic and asymptomatic patients. For this reason, seventh semester students from marine and environmental biology courses studying molecular biology at the University of Bogotá Jorge Tadeo Lozano were challenged to design a diagnostic method for the COVID-19 virus based on RT PCR and qPCR. The objective of this academic exercise was to encourage students to propose an effective method to detect the COVID-19 virus using the knowledge acquired during the course. A review of the previous literature was carried out to identify the existing methods for the detection of the virus and, with the help of bioinformatic tools, the analysis of the sequences of the genomes of COVID-19, human SARS and bat SARS available at GenBank was carried out. Rivera Forero, Catalina Yáñez Dukon, Luis Alejandro Herrera Khenayzir , Carolina Arias , Juan Carlos Niño Vargas , Jonathan Rodríguez Becerra, Pilar Leal Mejía, Leslie Hernández Fernández, Javier RT-qPCR SARS COV 2 pandemia coronavirus educación contextualizada RT-qPCR SARS COV 2 pandemic coronavirus contextualized education 9 2 Artículo de revista Journal article 2019-10-16T00:00:00Z 2019-10-16T00:00:00Z 2019-10-16 application/pdf text/xml Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano Revista Mutis 2256-1498 https://revistas.utadeo.edu.co/index.php/mutis/article/view/1599 10.21789/22561498.1599 https://doi.org/10.21789/22561498.1599 spa https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ 62 80 Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., & Lipman, D. J. (1990). Basic local alignment search tool. Journal of molecular biology, 215(3), 403-410. https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 Biomedical Information Science and Technology Initiative Consortium [BISTIC]. (2000). Definition Committee NIH working definition of bioinformatics and computational biology. http://www.bisti.nih.gov/CompuBioDef.pdf Corman, V. M., Landt, O., Kaiser, M., Molenkamp, R., Meijer, A., Chu, D. K., ... & Mulders, D. G. (2020). Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Eurosurveillance, 25(3), 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045 Costa, J. (2004). Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) a tiempo real. Enfermedades infecciosas y microbiología clínica, 22(5), 299-305. https://doi.org/10.1016/S0213-005X(04)73092-X Dong, E., Du, H., & Gardner, L. (2020) An interactive web-based dashboard to track COVID-19 in real time. Lancet Infect Dis, published online February 19. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30120-1 Furge, L. L., Stevens-Truss, R., Moore, D. B., Langeland, J. A. (2009). Vertical and horizontal integration of bioinformatics education: A modular, interdisciplinary approach. 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A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs. Nucleic acids research, 27(13), 2682-2690. https://doi.org/10.1093/nar/27.13.2682 Untergasser, A., Cutcutache, I., Koressaar, T., Ye, J., Faircloth, B. C., Remm, M., & Rozen, S. G. (2012). Primer3—new capabilities and interfaces. Nucleic acids research, 40(15), e115-e115. https://doi.org/10.1093/nar/gks596 Vincze, T., Posfai, J., & Roberts, R. J. (2003). NEBcutter: a program to cleave DNA with restriction enzymes. Nucleic Acids Res., 31, 3688-3691. https://doi.org/10.1093/nar/gkg526 Wu, F., Zhao, S., Yu, B., Chen, Y. M., Wang, W., Song, Z. G., … & Zhang, Y. Z. (2020). A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. 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Como una forma pedagógica de aprendizaje activo, se relacionaron temas desarrollados en clase de biología molecular con la pandemia del coronavirus COVID-19 que en este momento avanza en casi la totalidad del planeta. Contar con un método eficiente para diagnosticar la infección durante el inicio de esta infección respiratoria aguda es importante para detectar tanto los pacientes sintomáticos como los asintomáticos. Por este motivo, se retó a los estudiantes de séptimo semestre de las carreras de biología marina y ambiental que cursan la materia biología molecular en la Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano a diseñar un método diagnóstico para el virus COVID 19 basado en RT PCR y qPCR. El objetivo de este ejercicio académico consistió en incentivar a los estudiantes para que propusieran un método efectivo que permita detectar el virus COVID 19 a través de los conocimientos adquiridos durante el curso. Se realizó una revisión de la literatura previa para identificar los métodos existentes para la detección del virus y con ayuda de herramientas bioinformáticas se realizó el análisis de las secuencias de los genomas del COVID 19, el SARS humano y el SARS de murciélago disponibles en GenBank.
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As a pedagogical form of active learning, topics developed in molecular biology class were related to the coronavirus COVID-19 pandemic that is currently advancing in almost the entire planet. Having an efficient method of diagnosing infection during the onset of this acute respiratory infection is important in detecting both symptomatic and asymptomatic patients. For this reason, seventh semester students from marine and environmental biology courses studying molecular biology at the University of Bogotá Jorge Tadeo Lozano were challenged to design a diagnostic method for the COVID-19 virus based on RT PCR and qPCR. The objective of this academic exercise was to encourage students to propose an effective method to detect the COVID-19 virus using the knowledge acquired during the course. A review of the previous literature was carried out to identify the existing methods for the detection of the virus and, with the help of bioinformatic tools, the analysis of the sequences of the genomes of COVID-19, human SARS and bat SARS available at GenBank was carried out.
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