Titulo:
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales
.
Sumario:
Marcadores moleculares basados en el ADN mitocondrial (ADNmt) tienen herencia materna y se pueden utilizar para evaluar relaciones filogenéticas y taxonómicas. El diagnóstico de similaridad en los seres vivos se puede lograr mediante análisis genómico del ARN ribosomal 16S (16S rARN). El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial de marcador molecular en el16S ARNr como una metodología para la identificación de las diferentes especies de animales y determinar el grado de similitud genética entre estos individuos. Para ello, el ADN se extrajo a partir de 13 animales, 5 ovinos, 4 bovinos y 4 peces, a continuación se amplificaron, se purificaron y se secuenciaron las muestras. Los análisis de las secuencias se realizaron en los programa... Ver más
Guardado en:
2027-4297
5
2013-07-12
396
407
info:eu-repo/semantics/openAccess
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
| id |
metarevistapublica_unisucre_revistacolombianadecienciaanimal_recia_86_article_451 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales Mitochondrial gene sequences for identification of animal species Marcadores moleculares basados en el ADN mitocondrial (ADNmt) tienen herencia materna y se pueden utilizar para evaluar relaciones filogenéticas y taxonómicas. El diagnóstico de similaridad en los seres vivos se puede lograr mediante análisis genómico del ARN ribosomal 16S (16S rARN). El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial de marcador molecular en el16S ARNr como una metodología para la identificación de las diferentes especies de animales y determinar el grado de similitud genética entre estos individuos. Para ello, el ADN se extrajo a partir de 13 animales, 5 ovinos, 4 bovinos y 4 peces, a continuación se amplificaron, se purificaron y se secuenciaron las muestras. Los análisis de las secuencias se realizaron en los programas MEGA 5.10 y BLAST. Las secuencias identificadas en GenBank® mostraron que los animales pertenecían a las espécies Ovis aries (ovino), Bos taurus (bovino), Prochilodus lineatus (curimba) Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) y Leporinus obtusidens (piau). La distancia genética entre los diferentes grupos de animales fue de 0,10 bovinos/ovinos, 0,66 bovinos/peces y 0,65 ovinos/peces. La construcción del árbol filogenético ha determinado dos clases distintas siendo Mammalia, que contiene las subfamilias: Bovinae y Caprinae, y Actinopterygii que contiene las órdenes: Caraciforme (curimba y piau) y Siluriforme (pintado y cachara). La tecnología de los marcadores moleculares del ADNmt demonstró la posibilidad de utilizarla como herramienta en la identificación y diferenciación de las especies asistiendo a la obra de los taxonomistas. Por lo tanto, la secuenciación parcial de la región del gen 16S rARN fue suficiente para la identificación de ovinos, bovinos y diferentes especies de peces sobre la base de la similitud del gen en programa BLAST. Molecular markers based on mitochondrial DNA (mtDNA) have maternal inheritance and may be used to evaluate phylogenetic and taxonomic issues.The similarity diagnosis of living beings can be performed by genomic analysis of the 16S ribosomal RNA (16S rRNA). The aim of this study was to evaluate the molecular marker in 16S rRNA gene potential to identify different animal species and determine the degree of genetic similarity among individuals. DNA was extracted from 13 animals being 5 sheep, 4 cattle and 4 fish and the samples were amplified, purified and sequenced. The analysis were made with MEGA 5.10 and BLAST programs. The sequences identified on GenBank® showed that the animals belonged to the Ovis aries (sheep), Bos taurus (cattle), Prochilodus lineatus (curimba), Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) and Leporinus obtusidens (piau) species. The genetic distance between the different animal groups was 0,10 cattle/sheep, 0,66 cattle/fish and 0,65 sheep/fish. The construction of the phylogenetic tree has determined two different classes being Mammalia containing the subfamillies: Bovinae and Caprinae, and Actinopterygii containing the orders: Caraciforme (curimba and piau) and Siluriforme (pintado and cachara). The mtDNA molecular markers technology demonstrated the possibility of using it as a tool for species identification and differentiation thereby assisting the work of taxonomists. Thus, the partial sequencing of the 16S rRNA gene was sufficient for the identification of sheep, cattle and different species of fish based on the similarity of that gene in BLAST. AZAMBUJA DE OLIVEIRA,, JOYCE DO AMARAL CRISPIM, BRUNO MORENO MARTINS, NAYARA OLIVEIRA DA SILVA, ALESSANDRA ROSA DOURADO, PRISCILA LEOCÁDIA PALAGANO DA ROCHA,, MONYQUE BARUFATTI GRISOLIA, ALEXÉIA 16S rRNA sequencing maternal lineage mithocondrial DNA 16S rARN secuenciación linaje materno ADN mitocondrial. 5 2 Núm. 2 , Año 2013 : RECIA 5(2):JULIO-DICIEMBRE Artículo de revista Journal article 2013-07-12T00:00:00Z 2013-07-12T00:00:00Z 2013-07-12 application/pdf Universidad de Sucre Revista Colombiana de Ciencia Animal - RECIA 2027-4297 https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/view/451 10.24188/recia.v5.n2.2013.451 https://doi.org/10.24188/recia.v5.n2.2013.451 spa https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ 396 407 BENSON, D.A.; CAVANAUGH, M.; CLARK, K.; KARSCH-MIZRACHI, I.; LIPMAN, D.J.; OSTELL, J.; SAYERS, E.W. 2012. GenBank. Nucleic Acids Research 41:36–42. BOLZAN, A. R. 2011. DNA barcode de Drosofilídeos micófagos pertencentes ao gênero Hirtodrosophila, Mycodrosophila e Zigothrica. Universidade Federal da Santa Maria. Santa Maria, Brasil. CARVALHO, D.C. 2008. Identificação molecular de peixes: o caso do Surubim (Pseudoplatystoma spp.). Revista Brasileira de Reprodução Animal 258:215– 219. CHUEIRE, L.M.O.; BANGEL, E.V.; MOSTASSO, F.L.; CAMPO, R.J.; PEDROSA, F.O.; HUNGRIA, M. 2003. Classificação taxonômica das estirpes de rizóbio recomendadas para as culturas da soja e do feijoeiro baseada no sequenciamento do gene 16S rRNA. Revista Brasileira de Ciência do Solo 1027:833–840. CRISPIM, B.A.; SANTOS, D.B.S.; BANARI, A.C.; SENO, L.O.; GRISOLIA, A.B. 2012. Discriminação alélica em ovinos naturalizados do Pantanal Sul- Matogrossense por meio de marcadores microssatélites. Journal of the Selva Andina Research Society 3:3–13. DAMINELI, A.; DAMINELI, D.S.C. 2007. Origens da vida. Estudos Avançados (USP, Impresso) 21:263–284. GIROTTO, A.; ZANGIRÓLOMO, A.F.; BOGADO, A.L.G.; SOUZA, A.S.L.; SILVA, G.CF.; GARCIA, J.L.; VILAS BOAS, L.A.; BIONDO, A.W.; VIDOTTO, O. 2012. Molecular detection and occurrence of ‘Candidatus Mycoplasma haemobos’ in dairy cattle of Southern Brazil. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária 21(3):342–344. HEBERT, P. D. N.; CYWINSKA, A.; BALL, S. L.; DEWAARD, J. R. 2003a. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London, Series B 270:313–322. HEBERT, P. D. N.; RATNASINGHAM, S.; DEWARD, J. R. 2003b. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society - Biological Sciences (Series B) 270:96–99. LARKIN, M.A.; BLACKSHIELDS, G.; BROWN, N.P.; CHENNA, R.; McGETTIGAN, P.A.; McWILLIAN, H.; VALENTIN, F.; WALLACE, L.M.; WILM, A.; LOPEZ, R.; THOMPSON, J.D.; GIBSON, T.J.; HIGGINS, D.G. 2007. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics 23:2947–2948. MEYER, A. 1994. Shortcomings of the cytochrome b gene as a molecular marker. Trends in Ecology & Evolution 9(8):278–280. OLSON, Z. H.; WHITTAKER, D. G.; RHODES JR, O. E. 2009. The use of molecular markers in wild sheep research in North America: a review. Proceeding of the Northern Wild Sheep and Goat Council Biennial Symposium 16:251–269. ORREGO, L.E.O. 2012. Análise filogeográfica de Brachyplatystoma platynemum (Siluriformes: Pimelodidae). Universidade Estadual Paulista. Botucatu, Brasil. PALUMBI, S.R. 1996. Nucleic acids II: the polymerase chain reaction. Págs. 205-247 em: Hillis, D.M.; Moritz, C.; Mable, B.K. (eds), Molecular Systematics. Sinauer & Associates Inc., Sunderland, Massachusetts, USA. SHOUCHE, Y.S.; PATOLE, M.S. 2000. Sequence analysis of mitochondrial 16S ribosomal RNA gene fragment from seven mosquito species. Journal of Biosciences 25(4):361–366. SILVA, S.A.; KAVALCO, K.F.; PAZZA, R. 2012. Uso do sequenciamento de genes mitocondriais na identificação de files de salmão. Evolução e Conservação da Biodiversidade 3(2):64–67. https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/download/451/497 info:eu-repo/semantics/article http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 http://purl.org/redcol/resource_type/ARTREF info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 Text Publication |
| institution |
UNIVERSIDAD DE SUCRE |
| thumbnail |
https://nuevo.metarevistas.org/UNIVERSIDADDESUCRE/logo.png |
| country_str |
Colombia |
| collection |
Revista Colombiana de Ciencia Animal - RECIA |
| title |
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales |
| spellingShingle |
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales AZAMBUJA DE OLIVEIRA,, JOYCE DO AMARAL CRISPIM, BRUNO MORENO MARTINS, NAYARA OLIVEIRA DA SILVA, ALESSANDRA ROSA DOURADO, PRISCILA LEOCÁDIA PALAGANO DA ROCHA,, MONYQUE BARUFATTI GRISOLIA, ALEXÉIA 16S rRNA sequencing maternal lineage mithocondrial DNA 16S rARN secuenciación linaje materno ADN mitocondrial. |
| title_short |
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales |
| title_full |
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales |
| title_fullStr |
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales |
| title_full_unstemmed |
Secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales |
| title_sort |
secuencias del gen mitocondrial para identificación de especies de animales |
| title_eng |
Mitochondrial gene sequences for identification of animal species |
| description |
Marcadores moleculares basados en el ADN mitocondrial (ADNmt) tienen herencia materna y se pueden utilizar para evaluar relaciones filogenéticas y taxonómicas. El diagnóstico de similaridad en los seres vivos se puede lograr mediante análisis genómico del ARN ribosomal 16S (16S rARN). El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial de marcador molecular en el16S ARNr como una metodología para la identificación de las diferentes especies de animales y determinar el grado de similitud genética entre estos individuos. Para ello, el ADN se extrajo a partir de 13 animales, 5 ovinos, 4 bovinos y 4 peces, a continuación se amplificaron, se purificaron y se secuenciaron las muestras. Los análisis de las secuencias se realizaron en los programas MEGA 5.10 y BLAST. Las secuencias identificadas en GenBank® mostraron que los animales pertenecían a las espécies Ovis aries (ovino), Bos taurus (bovino), Prochilodus lineatus (curimba) Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) y Leporinus obtusidens (piau). La distancia genética entre los diferentes grupos de animales fue de 0,10 bovinos/ovinos, 0,66 bovinos/peces y 0,65 ovinos/peces. La construcción del árbol filogenético ha determinado dos clases distintas siendo Mammalia, que contiene las subfamilias: Bovinae y Caprinae, y Actinopterygii que contiene las órdenes: Caraciforme (curimba y piau) y Siluriforme (pintado y cachara). La tecnología de los marcadores moleculares del ADNmt demonstró la posibilidad de utilizarla como herramienta en la identificación y diferenciación de las especies asistiendo a la obra de los taxonomistas. Por lo tanto, la secuenciación parcial de la región del gen 16S rARN fue suficiente para la identificación de ovinos, bovinos y diferentes especies de peces sobre la base de la similitud del gen en programa BLAST.
|
| description_eng |
Molecular markers based on mitochondrial DNA (mtDNA) have maternal inheritance and may be used to evaluate phylogenetic and taxonomic issues.The similarity diagnosis of living beings can be performed by genomic analysis of the 16S ribosomal RNA (16S rRNA). The aim of this study was to evaluate the molecular marker in 16S rRNA gene potential to identify different animal species and determine the degree of genetic similarity among individuals. DNA was extracted from 13 animals being 5 sheep, 4 cattle and 4 fish and the samples were amplified, purified and sequenced. The analysis were made with MEGA 5.10 and BLAST programs. The sequences identified on GenBank® showed that the animals belonged to the Ovis aries (sheep), Bos taurus (cattle), Prochilodus lineatus (curimba), Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) and Leporinus obtusidens (piau) species. The genetic distance between the different animal groups was 0,10 cattle/sheep, 0,66 cattle/fish and 0,65 sheep/fish. The construction of the phylogenetic tree has determined two different classes being Mammalia containing the subfamillies: Bovinae and Caprinae, and Actinopterygii containing the orders: Caraciforme (curimba and piau) and Siluriforme (pintado and cachara). The mtDNA molecular markers technology demonstrated the possibility of using it as a tool for species identification and differentiation thereby assisting the work of taxonomists. Thus, the partial sequencing of the 16S rRNA gene was sufficient for the identification of sheep, cattle and different species of fish based on the similarity of that gene in BLAST.
|
| author |
AZAMBUJA DE OLIVEIRA,, JOYCE DO AMARAL CRISPIM, BRUNO MORENO MARTINS, NAYARA OLIVEIRA DA SILVA, ALESSANDRA ROSA DOURADO, PRISCILA LEOCÁDIA PALAGANO DA ROCHA,, MONYQUE BARUFATTI GRISOLIA, ALEXÉIA |
| author_facet |
AZAMBUJA DE OLIVEIRA,, JOYCE DO AMARAL CRISPIM, BRUNO MORENO MARTINS, NAYARA OLIVEIRA DA SILVA, ALESSANDRA ROSA DOURADO, PRISCILA LEOCÁDIA PALAGANO DA ROCHA,, MONYQUE BARUFATTI GRISOLIA, ALEXÉIA |
| topic |
16S rRNA sequencing maternal lineage mithocondrial DNA 16S rARN secuenciación linaje materno ADN mitocondrial. |
| topic_facet |
16S rRNA sequencing maternal lineage mithocondrial DNA 16S rARN secuenciación linaje materno ADN mitocondrial. |
| topicspa_str_mv |
16S rARN secuenciación linaje materno ADN mitocondrial. |
| citationvolume |
5 |
| citationissue |
2 |
| citationedition |
Núm. 2 , Año 2013 : RECIA 5(2):JULIO-DICIEMBRE |
| publisher |
Universidad de Sucre |
| ispartofjournal |
Revista Colombiana de Ciencia Animal - RECIA |
| source |
https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/view/451 |
| language |
spa |
| format |
Article |
| rights |
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| references |
BENSON, D.A.; CAVANAUGH, M.; CLARK, K.; KARSCH-MIZRACHI, I.; LIPMAN, D.J.; OSTELL, J.; SAYERS, E.W. 2012. GenBank. Nucleic Acids Research 41:36–42. BOLZAN, A. R. 2011. DNA barcode de Drosofilídeos micófagos pertencentes ao gênero Hirtodrosophila, Mycodrosophila e Zigothrica. Universidade Federal da Santa Maria. Santa Maria, Brasil. CARVALHO, D.C. 2008. Identificação molecular de peixes: o caso do Surubim (Pseudoplatystoma spp.). Revista Brasileira de Reprodução Animal 258:215– 219. CHUEIRE, L.M.O.; BANGEL, E.V.; MOSTASSO, F.L.; CAMPO, R.J.; PEDROSA, F.O.; HUNGRIA, M. 2003. Classificação taxonômica das estirpes de rizóbio recomendadas para as culturas da soja e do feijoeiro baseada no sequenciamento do gene 16S rRNA. Revista Brasileira de Ciência do Solo 1027:833–840. CRISPIM, B.A.; SANTOS, D.B.S.; BANARI, A.C.; SENO, L.O.; GRISOLIA, A.B. 2012. Discriminação alélica em ovinos naturalizados do Pantanal Sul- Matogrossense por meio de marcadores microssatélites. Journal of the Selva Andina Research Society 3:3–13. DAMINELI, A.; DAMINELI, D.S.C. 2007. Origens da vida. Estudos Avançados (USP, Impresso) 21:263–284. GIROTTO, A.; ZANGIRÓLOMO, A.F.; BOGADO, A.L.G.; SOUZA, A.S.L.; SILVA, G.CF.; GARCIA, J.L.; VILAS BOAS, L.A.; BIONDO, A.W.; VIDOTTO, O. 2012. Molecular detection and occurrence of ‘Candidatus Mycoplasma haemobos’ in dairy cattle of Southern Brazil. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária 21(3):342–344. HEBERT, P. D. N.; CYWINSKA, A.; BALL, S. L.; DEWAARD, J. R. 2003a. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London, Series B 270:313–322. HEBERT, P. D. N.; RATNASINGHAM, S.; DEWARD, J. R. 2003b. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society - Biological Sciences (Series B) 270:96–99. LARKIN, M.A.; BLACKSHIELDS, G.; BROWN, N.P.; CHENNA, R.; McGETTIGAN, P.A.; McWILLIAN, H.; VALENTIN, F.; WALLACE, L.M.; WILM, A.; LOPEZ, R.; THOMPSON, J.D.; GIBSON, T.J.; HIGGINS, D.G. 2007. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics 23:2947–2948. MEYER, A. 1994. Shortcomings of the cytochrome b gene as a molecular marker. Trends in Ecology & Evolution 9(8):278–280. OLSON, Z. H.; WHITTAKER, D. G.; RHODES JR, O. E. 2009. The use of molecular markers in wild sheep research in North America: a review. Proceeding of the Northern Wild Sheep and Goat Council Biennial Symposium 16:251–269. ORREGO, L.E.O. 2012. Análise filogeográfica de Brachyplatystoma platynemum (Siluriformes: Pimelodidae). Universidade Estadual Paulista. Botucatu, Brasil. PALUMBI, S.R. 1996. Nucleic acids II: the polymerase chain reaction. Págs. 205-247 em: Hillis, D.M.; Moritz, C.; Mable, B.K. (eds), Molecular Systematics. Sinauer & Associates Inc., Sunderland, Massachusetts, USA. SHOUCHE, Y.S.; PATOLE, M.S. 2000. Sequence analysis of mitochondrial 16S ribosomal RNA gene fragment from seven mosquito species. Journal of Biosciences 25(4):361–366. SILVA, S.A.; KAVALCO, K.F.; PAZZA, R. 2012. Uso do sequenciamento de genes mitocondriais na identificação de files de salmão. Evolução e Conservação da Biodiversidade 3(2):64–67. |
| type_driver |
info:eu-repo/semantics/article |
| type_coar |
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 |
| type_version |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| type_coarversion |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| type_content |
Text |
| publishDate |
2013-07-12 |
| date_accessioned |
2013-07-12T00:00:00Z |
| date_available |
2013-07-12T00:00:00Z |
| url |
https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/view/451 |
| url_doi |
https://doi.org/10.24188/recia.v5.n2.2013.451 |
| eissn |
2027-4297 |
| doi |
10.24188/recia.v5.n2.2013.451 |
| citationstartpage |
396 |
| citationendpage |
407 |
| url2_str_mv |
https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/download/451/497 |
| _version_ |
1811200749330235392 |