Titulo:
Desarrollo y evaluación de Primers para detectar el gen protamina 3 en alpacas
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Sumario:
Objetivo. Desarrollar y evaluar primers para detectar el gen Protamina 3 (PRM3) en alpacas. Materiales y métodos. Los primers candidatos se diseñaron en base a las secuencias conservadas obtenidas del alineamiento del gen protamina 3 (PRM3) con la secuencia predicted del ARNm, ambos presentes en la base de datos del NCBI. Para la evaluación in silico, se enfrentaron los primers con el genoma de alpaca, y para la evaluación in vitro, se emplearon 51 muestras de tejido testicular. Resultados. Se obtuvieron 10 pares de primers. De estos, se seleccionaron los pares 1 y 6; denominados PRM3-P31 y PRM3-P32 y con amplicones de 240 pb y 328 pb, respectivamente. Además, la evaluación de subproductos se realizó mediante el programa Oligoanalyzer. Conc... Ver más
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2027-4297
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2022-05-14
e893
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Alejandra Ugarelli-Galarza, Bruna Medranda-Rocha, Alexei Santiani-Acosta, Shirley Evangelista-Vargas - 2022
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Desarrollo y evaluación de Primers para detectar el gen protamina 3 en alpacas Kadivar A, Shams Esfandabadi N, Dehghani Nazhvani E, Shirazi A, Ahmadi E. Effects of cryopreservation on stallion sperm protamine messenger RNAs. Reprod Domest Anim. 2020;55(3):274–82. https://doi.org/10.1111/rda.13615 https://creativecommons.org/licenses/by/4.0 Alejandra Ugarelli-Galarza, Bruna Medranda-Rocha, Alexei Santiani-Acosta, Shirley Evangelista-Vargas - 2022 Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución 4.0. García W, Ccana E, Apaza E. Manual de empadre controlado de alpacas. Soluciones prácticas-ITDG. 2009. http://www.funsepa.net/soluciones/pubs/Mzcy.pdf Muchotrigo D, Trelles X, Olazábal J, Choez K, Evangelista S, Santiani A. Probability of obtaining alpaca semen using an artificial vagina in groups of males without training. Spermova. 2013; 3(1):94–96. http://spermova.pe/site/files/revista%202013%20vol.3%20No.%201/95-96-24-Muchotrigo_-_Alpacas.pdf Kizilay F, Altay BB, Kızılay F, Altay BB. Sperm function tests in clinical practice. Turk J Urol. 2017; 43(434):393–400. https://doi.org/10.5152/tud.2017.96646 Nyberg KG, Carthew RW. Out of the testis: biological impacts of new genes. Genes Dev. 2017; 31:1825–1826. https://doi.org/10.1101/gad.307496.117. Jodar M, Soler-Ventura A, Oliva R. Semen proteomics and male infertility. J Proteomics. 2017; 162:125–134. https://doi.org/10.1016/j.jprot.2016.08.018 Hamilton T, Simoes R, Mendes M, Goissis MD, Nakajima E, Martins E, et al. Detection of protamine 2 in bovine spermatozoa and testicles. Andrology. 2019; 7:373–381. https://doi.org/10.1111/andr.12610 Moore SS. Sperm protamine deficiency correlates with sperm DNA damage in Bos indicus bulls. Andrology. 2014; 2:370–378. https://doi.org/10.1111/j.2047-2927.2014.00196.x. Ribas-Maynou J, Benet J. Single and double strand sperm DNA damage: Different reproductive effects on male fertility. Genes. 2019; 10(2). https://doi.org/10.3390/genes10020105 Martin-Coello J, Gomendio M, Roldan ERS. Protamine 3 shows evidence of weak, positive selection in mouse species (genus Mus) - But it is not a protamine. Biol Reprod. 2011; 84(2):320–326. https://doi.org/10.1095/biolreprod.110.086454 https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/view/893 Kumar S, Singh U, Ganguly I, Rajib D, Rani S, Sandeep M, et al. Protamine 3 expressions in crossbred bull spermatozoa may not be a prognostic marker for differentiating good and poor quality semen. Afr. J. Biotechnol. 2014; 13(20):1999–2003. https://doi.org/10.5897/ajb2013.13535 Abraham MC, Puhakka J, Ruete A, Al-Essawe EM, VerdierK., Morrell JM, Båge R. Testicular length as an indicator of the onset of sperm production in alpacas under Swedish conditions. Acta Vet Scand. 2016; 58(1). https://doi.org/10.1186/s13028-016-0191-x Zamzami RS, Akmal M, Helmi TZ, Rusli R, SugitoS., Siregar TN, Wahyuni S. Identification and Characterization of Protamine 3 (prm3) Gene in Aceh Bull Testis. Adv. Biol. Res. In Icvaes 2020. 2021; 12(1):145–148. https://doi.org/10.2991/absr.k.210420.031 Orozco-Ugarriza M, Franco-Anaya P, Olivo-Martinez Y. Validación In silico de oligonucleótidos-primers para la detección especifica de Salmonella spp. mediante reacción en cadema de la polimerasa. 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Los primers candidatos se diseñaron en base a las secuencias conservadas obtenidas del alineamiento del gen protamina 3 (PRM3) con la secuencia predicted del ARNm, ambos presentes en la base de datos del NCBI. Para la evaluación in silico, se enfrentaron los primers con el genoma de alpaca, y para la evaluación in vitro, se emplearon 51 muestras de tejido testicular. Resultados. Se obtuvieron 10 pares de primers. De estos, se seleccionaron los pares 1 y 6; denominados PRM3-P31 y PRM3-P32 y con amplicones de 240 pb y 328 pb, respectivamente. Además, la evaluación de subproductos se realizó mediante el programa Oligoanalyzer. Conclusiones. Se concluyó que el primer PRM3-P31 nos permite determinar la presencia del gen más seguridad que el otro primer seleccionado. Por lo tanto, fue posible desarrollar y evaluar primers para detectar la presencia del gen de la protamina 3 en alpacas. DNA primer Journal article Objetive. To develop and evaluate primers to detect the Protamine 3 (PRM3) gene in alpacas. Materials and methods. To do this, the candidate primers were designed based on the conserved sequences obtained from the alignment of the protamine 3 (PRM3) gene with the predicted sequence of the mRNA, both present in the NCBI database. For the in silico evaluation, the primers were compared with the alpaca genome. For in vitro evaluation, 51 testicular tissue samples were used. Results. 10 pairs of primers were obtained. Of these, pairs 1 and 6 were selected; named PRM3-P31 and PRM3-P32 and with amplicons of 240 bp and 328 bp, respectively. Furthermore, the evaluation of the presence of homodimers and heterodimers was carried out using the Oligoanalyzer program. Conclusions. It was concluded that the primer PRM3-P31 allows us to determine the presence of the gene safer than other selected primer. Therefore, it was possible to develop and evaluate primers to detect the presence of the protamine 3 gene in alpacas. Development and evaluation of Primers to detect the protamine 3 gene in alpacas PRM3 Gene Alpaca 2027-4297 https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/download/893/981 https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/download/893/980 https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/download/893/979 2022-05-14T06:14:52Z 2022-05-14T06:14:52Z 2022-05-14 e893 e893 10.24188/recia.v14.n1.2022.893 https://doi.org/10.24188/recia.v14.n1.2022.893 |
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Objetive. To develop and evaluate primers to detect the Protamine 3 (PRM3) gene in alpacas. Materials and methods. To do this, the candidate primers were designed based on the conserved sequences obtained from the alignment of the protamine 3 (PRM3) gene with the predicted sequence of the mRNA, both present in the NCBI database. For the in silico evaluation, the primers were compared with the alpaca genome. For in vitro evaluation, 51 testicular tissue samples were used. Results. 10 pairs of primers were obtained. Of these, pairs 1 and 6 were selected; named PRM3-P31 and PRM3-P32 and with amplicons of 240 bp and 328 bp, respectively. Furthermore, the evaluation of the presence of homodimers and heterodimers was carried out using the Oligoanalyzer program. Conclusions. It was concluded that the primer PRM3-P31 allows us to determine the presence of the gene safer than other selected primer. Therefore, it was possible to develop and evaluate primers to detect the presence of the protamine 3 gene in alpacas.
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