Titulo:
Técnica no convencional de extracción de ADN a partir de tejido embebido en parafina para uso en la reacción en cadena de la polimerasa
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Sumario:
Los tejidos embebidos en parafina son muestras que reposan en los bancos de patología y almacenan importante información genética, útil para estudios retrospectivos de epidemiología y de patología molecular y para el diagnóstico de enfermedades en humanos y en animales. Dentro de las metodologías descritas para extraer ADN de tejidos en parafina, pocas resultan exitosas a la hora de obtener un material genético, con la cual se pueda amplificar fragmentos superiores a 200pb, por la técnica de PCR. Este trabajo expone la experiencia del laboratorio de biología molecular de la U.D.C.A, relacionada con la aplicación de una metodología poco utilizada para extraer ADN de tejido embebido en parafina y óptimo para amplificar por PCR un segmento de... Ver más
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Técnica no convencional de extracción de ADN a partir de tejido embebido en parafina para uso en la reacción en cadena de la polimerasa Unconventional technique of DNA extraction from paraffin embedded tissue for use in the polymerase chain reaction Los tejidos embebidos en parafina son muestras que reposan en los bancos de patología y almacenan importante información genética, útil para estudios retrospectivos de epidemiología y de patología molecular y para el diagnóstico de enfermedades en humanos y en animales. Dentro de las metodologías descritas para extraer ADN de tejidos en parafina, pocas resultan exitosas a la hora de obtener un material genético, con la cual se pueda amplificar fragmentos superiores a 200pb, por la técnica de PCR. Este trabajo expone la experiencia del laboratorio de biología molecular de la U.D.C.A, relacionada con la aplicación de una metodología poco utilizada para extraer ADN de tejido embebido en parafina y óptimo para amplificar por PCR un segmento de 600pb. Fueron utilizadas dos técnicas ampliamente referenciadas para este tipo de muestras, como son el protocolo de extracción fenólica y el del estuche comercial de QIAGEN® y una tercera metodología comúnmente empleada para extraer ADN de muestras de sangre, pero no para para tejidos en parafina, como lo es la técnica de extracción por sales o salting out. La capacidad amplificable del ADN extraído, se evidenció al obtener un fragmento de 600pb de un gen constitutivo humano. Los resultados mostraron que con la extracción fenólica y el estuche comercial de QIAGEN®, se consiguió el 21% de amplificaciones y con el método de extracción por sales, el 91%. Este trabajo muestra que una técnica no convencional de extracción de ADN a partir de tejido embebido en parafina puede ofrecer mejores resultados que metodologías tradicionales. The paraffin-embedded tissues are samples resting in the pathology banks, storing important genetic information, useful for retrospective studies of epidemiology and molecular pathology and diagnosis of diseases in humans and animals. Among the methods described for extracting DNA from tissues in paraffin, few are successful in obtaining the genetic material which can be amplified above 200bp fragments by the PCR technique. This paper describes the experience of U.D.C.A's molecular biology laboratory, related to the application of a methodology recently used to extract DNA from paraffin-embedded tissue and which permits to be optimal amplified by PCR of a fragment to 600pb. Two techniques were used, extensively referenced to these samples, such as the phenol extraction protocol and the commercial kit from QIAGEN®, and also a third commonly used method for extracting DNA from blood samples, but not for tissue in paraffin, the technique of extraction or salting out salts. The extracted DNA amplifiable ability was evidenced to obtain a fragment of 600pb establishing a human gene. The results showed that extraction with phenol and commercial kit from QIAGEN ® achieved amplifications of a 21%, while the salt extraction method a 91%. This work reveals that an unconventional technique of DNA extraction from paraffin-embedded tissue can offer better performance than traditional methodologies. Meza, Giovanna Ulloa, Juan Carlos Uribe, Ana María Gutiérrez, María Fernanda Extracción ADN Protocolos Reacción en cadena de la Polimerasa Patología molecular Extraction DNA PCR Protocols Molecular pathology 16 1 Núm. 1 , Año 2013 :Revista U.D.C.A Actualidad & Divulgación Científica. Enero-Junio Artículo de revista Journal article 2013-06-30T00:00:00Z 2013-06-30T00:00:00Z 2013-06-30 application/pdf text/html Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A Revista U.D.C.A Actualidad & Divulgación Científica 0123-4226 2619-2551 https://revistas.udca.edu.co/index.php/ruadc/article/view/856 10.31910/rudca.v16.n1.2013.856 https://doi.org/10.31910/rudca.v16.n1.2013.856 spa https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ 35 41 ARMAS, Y.; CAPÓ, V.; GONZÁLEZ, E.; MEDEROS, L.; DÍAZ, R. 2006. Extracción de ADN de tejidos embebidos en parafina por Chelex- 100. ADN de tejidos en parafina por resina quelante. Rev. Esp. Patología. 39(3):171-174. ARMAS, Y.; CAPO, V.; LÓPEZ, L.; MEDEROS, L.; DÍAZ, R. 2011. Comparación de tres métodos de extracción de tejidos embebidos en parafina. Biotecn. Apl. 28:40-43. CANNAVO, I.; LOUBATIER, C.; CHEVALLIER, A.; GIORDANEGRO, V. 2012. Improvement of DNA extraction for human papillomavirus genotyping from formalin- fixed paraffin-embedded tissues. BioRes. 1(6):333-337. COURA, R.; PROLLA, C.; MEURER, L.; ASHTON, P. 2005. An alternative protocol for DNA extraction from formalin fixed and paraffin wax embedded tissue. J. Clin. Path. 58:894-895. GILBERT, M.; HASELKORN, T.; BUNCE, M.; SÁNCHEZ, J.; LUCAS, S.; JEWELL, L. 2007. The isolation of nucleic acids from fixed, paraffin- embedded tissues- which methods are useful when? PLos One. 2(6):1-112. HUIJSMANS, C.; DAMEN, J.; VAN DER LINDA, J.; SAVEL KOUL, P.; HERMANS, M. 2010. Comparative analysis of four methods to extract DNA from paraffin- embedded tissues: Efect on downstream molecular applications. BioMed Central. 3:239-248. JIMÉNEZ, G.; VILLALOBOS, M.; JIMÉNEZ, E.; PALMA, W. 2007. Determinación de la efectividad de cinco protocolos de extracción de ADN a partir de material parafinado para estudios moleculares. Rev. Méd. U. Costa Rica. 1(1):10-19. KIZYS, M.M.L; CARDOSO, M.G.; LINDSEY, S.C; HARADA, M.Y; SORAES, F.A.; MELO, M.C.C.; MONTOYA, M.Z.; KASAMATSU, T.S.; KUNII, I.S.; GIANNOCCO, G.; MARTINS, J.R.M.; CERUTTI, J.M.; MACIEL, R.M.B.; DIAS-da-SILVA, M.R. 2012. Optimizing nucleic acid extraction from thyroid fine-needle aspiration cells in stained slides, formalin-fixed/ paraffin-embedded tissues, and long-term stored blood samples. Arq. Bras. Endocrino.l Metab. 56(9):618- 626. MORALES, A.; MARTÍNEZ, I.; CARLOS, A.; ÁLVAREZ, G.; ÁLVAREZ, M.; MALDONADO, J. 2005. Comparación de histopatología, cultivo y PCR en el diagnóstico de tuberculosis bovina. Rev. Cient. FCV-LUZ. 15(2):103-108. SANTOS, M.; SAITO, C.; LINE, S. 2008. Extraction of genomic DNA from paraffin-embedded tissue sections of human fetuses fixed and stored in formalin for long periods. Path. Res. Practice. 204(9):633- 636. SANTOS, S.; SÁ, D.; BASTOS, E.; GUEDES, H.; GUT, I.; GÄRTNER, F. 2008. An efficient protocol for genomic DNA extraction from formalinfixed paraffin- embedded tissues. Res. Vet. Sci. 86(3):1-6. SHI, S.; COTE, R.; WU, L.; LIU, C.; DATAR, R. 2002. DNA Extraction from archival formalinfixed, paraffin- embedded tissue sections base don antigen retrieval principle: heating under the influence of pH. J. Histochem. Cytochem. 50(8):1005-1011. TABANIFAR, B.; SALCHI, R.; ASGARANI, E.; FAGHIHI, M.; HCIDARPUR, M. 2008. An efficient method for DNA extraction from paraffin wax embedded tissues for PCR amplification of humman and viral DNA. Irani J. Path. 3(4):173-178. THYAGARAJAN, B.; ANDERSON, E.; KONG, F.; SELK, F.; LYNCH, C.; GROSS, M. 2005. New approaches for genotyping paraffin wax embedded breast tissue from patients with cáncer: the Lowa women's health study. J.Clin. Pathol. 58: 955-961. TUFAN, L.; BLI, F.; DUZCAN, E. 2004. Rapid and effective DNA amplification by polimerase chain reaction directliy from paraffin-embedded tissue. Aegean Path. 1:33-38. ZAFRA, G.; FLÓREZ, O.; GONZÁLEZ, C. 2004. Influencia del método de desparafinación y el tiempo de almacenamiento en la extracción de DNA a partir de tejido de archivo. Salud UIS. 36:73-79. https://revistas.udca.edu.co/index.php/ruadc/article/download/856/989 https://revistas.udca.edu.co/index.php/ruadc/article/download/856/990 info:eu-repo/semantics/article http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 http://purl.org/redcol/resource_type/ARTREF info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 Text Publication |
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Los tejidos embebidos en parafina son muestras que reposan en los bancos de patología y almacenan importante información genética, útil para estudios retrospectivos de epidemiología y de patología molecular y para el diagnóstico de enfermedades en humanos y en animales. Dentro de las metodologías descritas para extraer ADN de tejidos en parafina, pocas resultan exitosas a la hora de obtener un material genético, con la cual se pueda amplificar fragmentos superiores a 200pb, por la técnica de PCR. Este trabajo expone la experiencia del laboratorio de biología molecular de la U.D.C.A, relacionada con la aplicación de una metodología poco utilizada para extraer ADN de tejido embebido en parafina y óptimo para amplificar por PCR un segmento de 600pb. Fueron utilizadas dos técnicas ampliamente referenciadas para este tipo de muestras, como son el protocolo de extracción fenólica y el del estuche comercial de QIAGEN® y una tercera metodología comúnmente empleada para extraer ADN de muestras de sangre, pero no para para tejidos en parafina, como lo es la técnica de extracción por sales o salting out. La capacidad amplificable del ADN extraído, se evidenció al obtener un fragmento de 600pb de un gen constitutivo humano. Los resultados mostraron que con la extracción fenólica y el estuche comercial de QIAGEN®, se consiguió el 21% de amplificaciones y con el método de extracción por sales, el 91%. Este trabajo muestra que una técnica no convencional de extracción de ADN a partir de tejido embebido en parafina puede ofrecer mejores resultados que metodologías tradicionales.
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The paraffin-embedded tissues are samples resting in the pathology banks, storing important genetic information, useful for retrospective studies of epidemiology and molecular pathology and diagnosis of diseases in humans and animals. Among the methods described for extracting DNA from tissues in paraffin, few are successful in obtaining the genetic material which can be amplified above 200bp fragments by the PCR technique. This paper describes the experience of U.D.C.A's molecular biology laboratory, related to the application of a methodology recently used to extract DNA from paraffin-embedded tissue and which permits to be optimal amplified by PCR of a fragment to 600pb. Two techniques were used, extensively referenced to these samples, such as the phenol extraction protocol and the commercial kit from QIAGEN®, and also a third commonly used method for extracting DNA from blood samples, but not for tissue in paraffin, the technique of extraction or salting out salts. The extracted DNA amplifiable ability was evidenced to obtain a fragment of 600pb establishing a human gene. The results showed that extraction with phenol and commercial kit from QIAGEN ® achieved amplifications of a 21%, while the salt extraction method a 91%. This work reveals that an unconventional technique of DNA extraction from paraffin-embedded tissue can offer better performance than traditional methodologies.
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